根據企業會計準則（制度）（2005前）的有關規定：房地產開發企業購入或以土地出讓金方式取得的土地使用權，在尚未開發前，作為無形資產核算，并按照土地使用權年限分期攤銷。房地產開發企業開發商品房時，應將土地使用權的賬面價值全部轉入開發成本。

因此，題中情況：

1、補計取得土地使用權投資
借：無形資產3000萬元
貸：實收資本——“老股東”3000萬元

2、計算土地使用權分期攤銷金額
月攤銷金額=3000萬元/（企業取得土地使用權投資之日起剩余的使用權月數）

3、調整實際建賬日之前未攤銷的土地使用權
借：長期待攤費用——開辦費
貸：無形資產
由于題中企業至今未開始生產經營，因此，土地使用權攤銷應計入開辦費。該分錄金額=月攤銷額*企業取得土地使用權投資之日起至實際建賬日之前一個月的總月數

4、建賬日當月及以后月份，正常攤銷土地使用權
借：長期待攤費用——開辦費
貸：無形資產
該分錄金額即為月攤銷額。

5、開發商品房時，結轉無形資產賬面價值
借：開發成本
貸：無形資產
結轉后，無形資產賬面余額為零。土地使用權賬面價值轉入開發成本后，無需再攤銷。

另外，對于題中“實際雙方協商價為4000萬”，沒有猜錯的話，應當是企業受讓方（即新股東）向企業轉讓方（即老股東）支付的股權轉讓款，該款項獲得的1000萬元的收益，與企業無關，屬轉讓方（即老股東）的股權轉讓收益，由其依法納稅。在會計處理上，題中4000萬元的轉讓款也與企業無關，企業只需將實收資本中“老股東”明細賬余額轉入“新股東”即可，即：
借：實收資本——“老股東”3000萬元
貸：實收資本——“新股東”3000萬元

關于補充問題。

首先，題中新股東目的是向老股東購買土地使用權，但是，需要注意，該土地使用權并非老股東直接擁有，而是由企業所有，再間接的為老股東擁有。因此，雖然交易雙方是按照土地使用權的市場價格進行交易，但其交易仍然屬于企業股權的交易。交易后，新股東也不直接擁有土地使用權，也一樣通過其擁有的企業股權而間接的擁有該土地使用權。

由此，題中企業作為會計核算主體，不因股東的變更而有所改變，也就是說企業是持續存在的，其會計核算應當從企業籌建成立時開始進行，原未進行的會計核算應當進行補計。同時，由于題中的交易款屬于股權轉讓款，因此無論轉讓金額有多少，均與企業無關，而是屬于新老股東之間買賣企業的成交款。這就是說，企業的土地使用權原值依然為賬面的3000萬元，成交金額大于土地使用權賬面原值的1000萬元（即“增值”），不能計入企業土地使用權賬面價值。總之，4000萬元的成交款不應被認定為土地使用權轉讓款（雖然交易雙方交易目的如此），而是應當認定為企業股權的轉讓款。

至于題中所說的“損失”是不存在的。原因在于雖然上述1000萬元增值沒有計入企業的賬面價值，但是企業的市場價值仍然包括該1000萬元的增值（假設股權交易價格4000萬元是公允的）。也就是說，如果新股東又將該企業股權繼續轉讓，則仍然可以收回該4000萬元的轉讓款。如果新股東不再轉讓企業股權，而是持續經營，那么，企業利潤中則就包含了該不入賬的1000萬元增值，而該利潤屬于新股東所有，也就意味著新股東享有該1000萬元的增值，再如果該利潤進行了分配，則新股東就實際收回了該1000萬元的增值。所以，題中所說的“損失”是不存在的。

當然，企業在產品定價時如果沒有考慮該1000萬元增值因素的話，那么新股東的“損失”是可能出現的。比如，如果商品房建造成本（含賬面土地使用權成本）為10000萬元，則商品房定價不應低于11000萬元（10000+1000），否則，新股東將會出現投資損失。

對于開辦費的問題，根據企業會計準則（制度）（2005前）的有關規定，企業應當在開始生產經營之日，一次性轉入“管理費用”科目。題中企業開始生產經營之日，可以按照商品房開始建造之日確定。